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用于確定作為抗菌藥物的D-Ala-D-Ala連接酶抑制劑的基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)方法

公開(kāi)(公告)號(hào) CN1539020A  
公開(kāi)(公告)日 2004.10.20  
申請(qǐng)(專利)號(hào) CN02815270.0  
申請(qǐng)日期 2002.06.28  
專利名稱 用于確定作為抗菌藥物的D-Ala-D-Ala連接酶抑制劑的基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)方法  
主分類號(hào) C12Q1/37  
分類號(hào) C12Q1/37  
分案原申請(qǐng)?zhí)?  
優(yōu)先權(quán) 2001.6.28 US 60/301,676  
申請(qǐng)(專利權(quán))人 醫(yī)賢治療學(xué)公司;普利瓦股份公司  
發(fā)明(設(shè)計(jì))人 M·A·納維亞;P·J·阿拉;J·P·格利菲斯;J·A·阿里;C·H·法爾曼;S·T·莫;A·S·馬吉;P·R·康納利;E·佩羅拉  
地址 美國(guó)馬薩諸塞州  
頒證日  
國(guó)際申請(qǐng) PCT/US2002/020465 2002.6.28  
進(jìn)入國(guó)家日期 2004.02.03  
專利代理機(jī)構(gòu) 中國(guó)國(guó)際貿(mào)易促進(jìn)委員會(huì)專利商標(biāo)事務(wù)所  
代理人 唐偉杰  
國(guó)省代碼 美國(guó);US  
主權(quán)項(xiàng) 評(píng)價(jià)化學(xué)實(shí)體締合下列物質(zhì)的可能性的方法:包含結(jié)合口袋的分子或分子復(fù)合物,所述結(jié)合口袋依據(jù)附圖8由D-Ala-D-Ala連接酶大腸桿菌基酸Lys144,Glu180,Lys181,Leu183,Glu187,Asp257和Glu270的結(jié)構(gòu)坐標(biāo)所限定;或所述分子或分子復(fù)合物的同源物,其中所述同源物包含結(jié)合口袋,所述結(jié)合口袋具有與所述氨基酸主鏈原子不超過(guò)10的均方根偏差,所述方法包括下列步驟:采用計(jì)算方法在化學(xué)實(shí)體與結(jié)合口袋之間進(jìn)行擬合操作,其中所述結(jié)合口袋由D-Ala-D-Ala連接酶大腸桿菌氨酸Lys144,Glu180,Lys181,Leu183,Glu187,Asp257和Glu270的結(jié)構(gòu)坐標(biāo)+/-不超過(guò)10的與所述氨基酸主鏈原子的均方根偏差所限定;和分析所述擬合操作的結(jié)果以定量化學(xué)實(shí)體與結(jié)合口袋之間的締合。  
摘要 本發(fā)明是基于下述發(fā)現(xiàn):一些小分子可結(jié)合D-Ala-D-Ala連接酶的ATP結(jié)合位點(diǎn),甚至在沒(méi)有酶底物存在的情況下也是如此,并且可引起類似于在ATP和底物與酶結(jié)合時(shí)所發(fā)生的酶結(jié)構(gòu)的構(gòu)改變。雖然不希望受敷于理論,但據(jù)信,這樣的構(gòu)象改變是激活或抑制酶所必需的。從該發(fā)現(xiàn)所獲得的信息已使得能夠鑒定酶活性位點(diǎn)中的關(guān)鍵相互作用,以及設(shè)計(jì)和優(yōu)化抑制劑。  
國(guó)際公布 WO2003/002063 英 2003.1.9  
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