學校設(shè)有黨委（院)辦公室、組織部、宣傳（統(tǒng)戰(zhàn))部、保衛(wèi)（武裝)部、紀檢監(jiān)察審計處、教務(wù)處、教學保障處、科研處、臨床管理處、學生處、人事處、國際交流與對外合作構(gòu)處、計劃財務(wù)處、基建處、后勤處、校團委等機關(guān)職能部門。設(shè)有基礎(chǔ)醫(yī)學院、人文信息管理學院、臨床醫(yī)學院、藥學院、檢驗醫(yī)學院、護理學院、醫(yī)學影像系、生物醫(yī)學系、公共衛(wèi)生系、心理學系、思想政治理論課教學部等教學單位。有教育技術(shù)中心、圖書館等教輔機構(gòu)。有科研中心、四川應(yīng)用心理學研究中心、發(fā)育與再生實驗室、成都醫(yī)學院藥物研究所、成都醫(yī)學院高等教育研究室、《成都醫(yī)學院學報》編輯部等教研機構(gòu)。有附屬醫(yī)院11所（含非直管附屬醫(yī)院)。并設(shè)有教學、科研、管理相關(guān)的專業(yè)委員會等輔助決策機構(gòu)。