公共衛(wèi)生學(xué)院原名公共衛(wèi)生系。1950年5月，在北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生科的基礎(chǔ)上擴(kuò)建成為北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生系。1952年在全國(guó)高等院系調(diào)整中成立北京醫(yī)學(xué)院，保留公共衛(wèi)生學(xué)系。1956年更名為北京醫(yī)學(xué)院衛(wèi)生系。于1985年6月更名為北京醫(yī)科大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院。
1950年建系時(shí)的系主任是嚴(yán)鏡清教授（兼北京公共衛(wèi)生局局長(zhǎng))，當(dāng)時(shí)只有7名教師。1952年教師人數(shù)增至30余人，1966年之前全系教職工總數(shù)近百人�，F(xiàn)在全院共有教職工181人，其中教授、研究員34人；副教授、副研究員32人；講師、助理研究員、主管技師63人；助教44人；行政人員6人，其他人員2人。
建系初期建立的學(xué)科有：衛(wèi)生行政科（科主任安笑蘭)；流行病科（科主任林宗揚(yáng))；婦幼衛(wèi)生科（科主任葉恭紹)；實(shí)用營(yíng)養(yǎng)科（科主任俞錫旋)；生物統(tǒng)計(jì)科（科主任李光蔭)；衛(wèi)生教育與學(xué)校衛(wèi)生科（科主任王錦江)；工業(yè)衛(wèi)生科（科主任張書(shū)珍)。1954年參照前蘇聯(lián)莫斯科第一醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生系，把原來(lái)的七個(gè)學(xué)科改為七個(gè)教研室，即：一般衛(wèi)生學(xué)、流行病學(xué)、環(huán)境衛(wèi)生學(xué)、勞動(dòng)衛(wèi)生學(xué)、營(yíng)養(yǎng)衛(wèi)生學(xué)、學(xué)校衛(wèi)生學(xué)、保健組織學(xué)。1960年經(jīng)衛(wèi)生部批準(zhǔn)，將學(xué)校衛(wèi)生學(xué)改為“兒童少年衛(wèi)生學(xué)”，以后保健組織學(xué)又改為“衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)”。1982年經(jīng)上級(jí)批準(zhǔn)建立“環(huán)境醫(yī)學(xué)研究所”和“兒童青少年衛(wèi)生研究所”。1983年經(jīng)上級(jí)批準(zhǔn)建立“社會(huì)醫(yī)學(xué)與衛(wèi)生事業(yè)管理教研室”。1985年11月建立“衛(wèi)生管理干部培訓(xùn)中心”，當(dāng)時(shí)由王天根兼任該中心主任。1993年經(jīng)衛(wèi)生部批準(zhǔn)，建立“公共衛(wèi)生管理研究所”醫(yī)學(xué)全.在線.網(wǎng).站.提供。
文革后我院發(fā)展為12個(gè)教研室，1個(gè)系，3個(gè)研究所和2個(gè)中心。分別是勞動(dòng)衛(wèi)生學(xué)教研室、環(huán)境衛(wèi)生學(xué)教研室、營(yíng)養(yǎng)衛(wèi)生學(xué)教研室、衛(wèi)生毒理學(xué)教研室、流行病學(xué)教研室、衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)教研室、衛(wèi)生化學(xué)教研室、預(yù)防醫(yī)學(xué)教研室、兒少衛(wèi)生教研室、婦幼學(xué)系、院中心儀器室、保健流行病研究室；兒童青少年衛(wèi)生研究所、環(huán)境醫(yī)學(xué)研究所、公共衛(wèi)生管理研究所。社會(huì)醫(yī)學(xué)與管理干部培訓(xùn)中心、中國(guó)婦嬰保健中心。
2000年4月北京醫(yī)科大學(xué)并入北京大學(xué)成為北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部，公共衛(wèi)生學(xué)院變更為北京大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院。隨著教育體制改革，公共衛(wèi)生學(xué)院積極進(jìn)行學(xué)科方向與功能的重組與定位，以適應(yīng)21世紀(jì)公共衛(wèi)生教育事業(yè)發(fā)展的需要。經(jīng)過(guò)專家研討形成新系科：流行病學(xué)與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)系（胡永華任主任)；婦女與兒童青少年衛(wèi)生學(xué)系（王燕任主任)；勞動(dòng)衛(wèi)生與環(huán)境衛(wèi)生學(xué)系（郭新彪任主任)；毒理學(xué)系（周宗燦任主任)；營(yíng)養(yǎng)與食品衛(wèi)生學(xué)系（劉毅任主任)；衛(wèi)生政策與管理學(xué)系（李立明任主任)；院中心儀器室（王耐芬任主任)醫(yī)學(xué)全.在線.網(wǎng).站.提供。
我院原來(lái)只有衛(wèi)生專業(yè)，1985年改稱為預(yù)防醫(yī)學(xué)專業(yè)。1983年增加了衛(wèi)生事業(yè)管理干部專修科，招收三年制大專班。1987年開(kāi)始招收衛(wèi)生事業(yè)管理專業(yè)本科生，學(xué)制五年。1990年增設(shè)婦幼衛(wèi)生專業(yè)，1991年開(kāi)始招收婦幼衛(wèi)生專業(yè)學(xué)生。公共衛(wèi)生學(xué)院現(xiàn)每年招收本科生約80名，培養(yǎng)專業(yè)方向?yàn)?個(gè)：預(yù)防醫(yī)學(xué)專業(yè)、社會(huì)醫(yī)學(xué)與衛(wèi)生事業(yè)管理專業(yè)、婦幼衛(wèi)生專業(yè)�，F(xiàn)有博士點(diǎn)4個(gè)，分別是：勞動(dòng)衛(wèi)生學(xué)、流行病學(xué)、兒少衛(wèi)生學(xué)、衛(wèi)生毒理學(xué)。博士導(dǎo)師7名。碩士點(diǎn)6個(gè)，分別是環(huán)境衛(wèi)生與勞動(dòng)衛(wèi)生學(xué)、流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)、兒少衛(wèi)生與婦幼衛(wèi)生學(xué)、衛(wèi)生毒理學(xué)、營(yíng)養(yǎng)與食品衛(wèi)生學(xué)、社會(huì)醫(yī)學(xué)與衛(wèi)生管理。碩士導(dǎo)師38人。預(yù)防醫(yī)學(xué)專業(yè)�？坪谏s300名、衛(wèi)生事業(yè)管理專業(yè)專科生（夜大學(xué))約30名。自1950年建系以來(lái)共培養(yǎng)學(xué)生5000多名。
