最常用的同位素是α-32PdNTP,3HdNTP,及35SdNTP，多用缺品平移法、末端標記法，隨機引物延伸法和反轉(zhuǎn)錄標記法。在以mRNA制備cDNA時，同時摻入標記的脫氧核苷酸，制出cD－NA標記探針。
一、缺口平移法
在適當?shù)臐舛鹊腄Nase I作用下在一雙鏈DNA上制造一些缺口，再利用大腸桿菌DNA聚合酶I 的5’—3’外切酶活性依次切除缺口下游的核酸序列，同時將四種脫氧三磷酸核苷（其中一種用放射性標記)利用該酶5’—3’聚合活性補人缺口，使缺口逐個平稱并在平移過程中形成標記的新生核酸鏈。此法也適用于探針的非放射性標記。如32P標記DNA探針（缺口平移法)：反應(yīng)體積為25μl，內(nèi)含0.3μgDNA片段，4μl 0.2μmol/L dNTP, 1.1×106Bq [α-32P]dATP,1μl2萬倍稀釋的DNA酶和2μl DNA聚合酶I，6μl緩沖液[為50mmol/l Tris·HCl(PH7.2)、10mmol/l MgSO4、1mmol/L二硫蘇糖醇（DTT)和50μg/ml BSA]，反應(yīng)在14℃進行3h。標記DNA經(jīng)Sephadex (G-50)柱層析回收。
二、末端標記法
在大腸桿菌T4噬菌體多聚核苷酸激酶（T4PNK)的催化下，將γ-32P-ATP上的磷酸連接到寡核苷酸的5’末端上。要求標記的寡核苷酸5’端必須帶羥基。反應(yīng)式為：醫(yī)學(xué).全在線www.med126.com
此法適用于標記合成的寡核苷酸探針。如將底物改為Bio –11 –dUTP，也可以在3’端標記上一個生物素。
寡核苷酸35S的3’—末端標記法：將下列液體依次加入Eppendorf管中。
寡核苷酸（1 pmol)1μl
10×Tailing buffer 2μl
[α-35S]2μl
雙蒸餾水14μl
末端脫氧核苷酸酶1μl（10Unit)
混合后，置于37℃水浴中1.5h。取出反應(yīng)管放入冰水中5min。加入下列液體：
TRNA(25mg/ml)3μl
1×TE(pH8.0)180μl
酚100μl
CTAa 100μl
充分混合2min。離心15000r/min 5min。將上清液（約200μl)移入新的Eppendorf 管中，然后加入下列液體：
4mol/L醋酸胺100μl
100%酒精800μl
混勻，置冰浴中，15min。再15000r/min離心10min，在管底可見一白色沉淀塊（含tRNA及寡核苷酸)。吸去管中液體，然后加入1000μl80%酒精，混合1～2min同上離心，吸除酒精（勿破壞沉淀塊)，將管置于40℃溫箱中5min。加入適量的1×TE（pH8.0)及0.5mol/l DTT溶解沉淀。標記探針的最終濃度是0.5ng/μl,DTT的最終濃度為20mmol/μl。取出1μl標記探針測定比放射性，應(yīng)在1.0×10dpm/μg以上。保存在-80℃中1～2個月。再次使用時應(yīng)考慮到放射性同位素的衰減量。
