MHC I類、Ⅱ類基因外顯子和內含子的組成相似（圖6-11)。第一個外顯子編碼先導序列。MHc I類分子α1、α2和α3是由三個不同的外顯子所編碼，空膜區(qū)和胞漿區(qū)是由數個較小的外顯子編碼。MHc I類分子胞漿部分每一個保守的磷酸化位點是由不同的小外顯子分別編碼。有多個調節(jié)MHC基因的轉錄的順式調節(jié)順序（cis-regulatory sequences)位于MHC基因外顯子的5`端，這些調節(jié)順序是作為反式作用的轉錄調節(jié)蛋白的結合位點。此外，在MHc I類基因中也發(fā)現(xiàn)有啟動子和增強子，并存在著對細胞因子特別是IFN-γ應答的核苷酸序列。在MHc Ⅱ類基因中含有對于Ⅱ類基因表達所必需的、稱之為W（或H)、X和Y盒的三個保守的核甘酸序列。
圖6-11 MHc Ⅰ、Ⅱ類基因外顯子內含子結構
IFN-γ可調節(jié)MHC I類和Ⅱ類分子的表達。IFN-γ幾乎對所有細胞MHc I類抗原的表達有促進作用，其他的細胞因子如IFN-α、INF-β、TNF和LT也能促進MHc I類分子的表達。IFN-γ等細胞因子促進I類分子表達水平升高的機理可能是細胞因子激活的轉錄因子（cytokine-activated transcription factors)結合到I類基因DNA的調節(jié)序列上。IFN-γ可促進單核-巨噬細胞、郎罕氏細胞NHc Ⅱ類分子的表達，誘導MHc Ⅱ類分子陰性的內皮細胞、上皮細胞和基質細胞（stromal cell)表達Ⅱ類分子；樹突狀細胞和活化人T細胞可表達Ⅱ類分子，但IFN-γ無明顯調節(jié)作用；對于小鼠B細胞，IFN-γ作用后Ⅱ類分子表達反而降低，而IL-4有促進表達的作用。
