健康的人能與可阻止病原微生物入侵的一類(lèi)微生物群和諧相處，共同生活。這類(lèi)微生物在體內(nèi)的定居部位與組織嗜性有關(guān)，有些組織可以定居，有些則不能。它們包括兩種：常駐菌群和臨時(shí)菌群。前者持續(xù)存在，一旦紊亂，能迅速重建，后者只能存在幾小時(shí)到幾周，不能使自己長(zhǎng)期存在。細(xì)菌和真菌是主要的共生菌群。
很多因素(如飲食，衛(wèi)生健康狀況，污染的空氣)可影響正常菌群的種類(lèi)。以奶制品為主食的人群，乳桿菌是腸道常見(jiàn)的共生菌；慢性阻塞性肺病(COPD)患者氣管支氣管中主要定居的是流感嗜血桿菌。
病原菌偶爾也構(gòu)成正常菌群的一部分，它們能引起疾病，特別在患者防御屏障打破后。
